Què és un fitxer del Banc de dades de proteïnes (PDB)? Com obrir-lo i veure'l a Windows 11?

Un fitxer de banc de dades de proteïnes (PDB) és un format de fitxer utilitzat per emmagatzemar dades biològiques tridimensionals. Els fitxers PDB s'utilitzen habitualment per emmagatzemar dades sobre proteïnes, àcids nucleics i altres biomolècules. Els fitxers PDB es poden visualitzar de diverses maneres, inclòs mitjançant programari com PyMOL i VMD. A Windows 11, podeu obrir un fitxer PDB anant a l'Explorador de fitxers, fent clic a la pestanya Visualització i, a continuació, seleccionant l'opció per mostrar fitxers i carpetes ocults. Un cop fet això, hauríeu de poder localitzar el fitxer PDB que voleu veure. Els fitxers PDB són una eina important per als científics que treballen amb biomolècules, ja que permeten la visualització i l'anàlisi de dades en tres dimensions. Per tant, comprendre com obrir i veure fitxers PDB és una habilitat important per a qualsevol persona que treballi en el camp de la bioinformàtica o la biologia computacional.

Fitxers del Banc de dades de proteïnes (PDB). són fitxers moleculars tridimensionals que emmagatzemen estructures moleculars. Ara, si us pregunteu com obrir aquests fitxers a l'ordinador, aquesta publicació us interessarà. Aquí parlarem dels fitxers PDB amb detall i de com veure aquests fitxers a Windows 11/10. Així que, sense més preàmbuls, anem a comprovar-ho!

Què és un fitxer del Banc de dades de proteïnes (PDB)?

Banc de dades de proteïnes (PDB) és una base de dades de dades estructurals en 3D de proteïnes, àcids nucleics i altres molècules grans. Fitxer de PIB L'extensió de fitxer és bàsicament un fitxer que conté dades relacionades amb l'estructura d'una molècula biològica 3D. Les dades inclouen coordenades atòmiques, estructures atòmiques, connectivitat atòmica, estructura de proteïnes, estructura d'àcids nucleics i molt més. També conté metadades experimentals.

Aquest format de fitxer s'utilitza àmpliament en bioinformàtica per intercanviar coordenades de proteïnes. Conté milers de línies que descriuen l'estructura d'una proteïna. Ara, si voleu llegir o veure fitxers PDB en un PC amb Windows, heu d'utilitzar una eina de tercers dedicada, ja que no hi ha cap aplicació nativa per a això. En aquesta publicació, parlarem de diferents maneres de veure el fitxer PDB a Windows 11/10.

Com veure el fitxer del Banc de dades de proteïnes (PDB) a Windows 11?

Hi ha dues maneres de veure el fitxer del Banc de dades de proteïnes (PDB) a Windows 11/10, a saber:

1. Utilitzeu programari gratuït per visualitzar fitxers PDB.
2. Proveu una eina en línia gratuïta per llegir fitxers PDB.

1] Utilitzeu programari gratuït per visualitzar fitxers PDB.

Podeu utilitzar programari de Windows de tercers que us permet obrir i veure fitxers PDB. Hi ha diverses aplicacions d'escriptori gratuïtes disponibles per a Windows que podeu provar. Aquests són alguns de bons que podeu utilitzar:

• IQmol
• Swiss-PdbViewer
• Cumol
• Una molècula
• RasMol

A] IKmol

IQmol és un programari de visualització i editor molecular gratuït i de codi obert per a Windows 11/10. Utilitzant-lo, podeu veure PDB així com altres fitxers de molècules 3D com MOL, SMI, CUBE, XYZ, etc. En aquest programari, podeu trobar totes les eines de visualització molecular importants. Aquestes eines van des de bàsiques fins a avançades. A més de veure el fitxer PDB, també podeu editar l'estructura molecular.

Us permet obrir diversos fitxers PDB al mateix temps i veure'ls tots alhora. Al panell Visualització del model, podeu activar o desactivar la representació d'un o més fitxers PDB.

Les principals característiques d'IQmol:

Les característiques d'aquest visualitzador de fitxers PDB gratuït i de codi obert que podeu consultar són:

• Podeu trobar totes les eines estàndard de navegació de fitxers, com ara ampliar/reduir (amb la roda del ratolí), panoràmica, rotació, pantalla completa, restabliment de la vista, mostrar eixos, etc.
• Permet personalitzar l'aspecte del model mitjançant l'edició de paràmetres com ara l'ombra, la llum ambiental, la difusió, la força de la boira, els reflexos, la intensitat del soroll, els paràmetres de POV-Ray, etc.
• També podeu afegir etiquetes atòmiques com ara massa d'àtoms, càrrega parcial, RMN, densitat de spin, etc.
• Això us permet personalitzar la configuració de la càmera al vostre gust. Podeu ajustar la projecció de la càmera, la posició, etc.
• tenir un còmode Rotació automàtica una funció que permet girar automàticament el model molecular.
• Podeu desar la representació actual de l'estructura de la proteïna en un format d'imatge com ara PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS, etc.
• També us permet convertir PDB a altres fitxers de molècules mitjançant la funció 'Desa com'. Formats de sortida compatibles: XYZ, MOL, MOL2, CML, etc.
• També pots utilitzar-lo Càlcul funcions per calcular energia de l'estructura molecular, forces, exploració PES, estat de transició, desplaçaments químics, geometria, energia de descomposició, correcció BSSE, etcètera.

A més de les funcions de visualització, obteniu un menú especial de construcció amb un conjunt de funcions de construcció molecular. Aquestes característiques inclouen afegir nous àtoms, inserir noves molècules, minimitzar l'estructura, establir isòtops i molt més.

Aquest és un programari de modelatge molecular molt bo amb el qual podeu visualitzar fitxers del Banc de dades de proteïnes al vostre ordinador. Si t'agrada, descarrega't des d'aquí .

Veure: Chem4Word és un complement de química per a Microsoft Word. .

B] Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer és un visualitzador de fitxers PDB gratuït especial per a Windows 11/10. Permet visualitzar i analitzar diverses estructures de proteïnes simultàniament. Podeu analitzar l'estructura de la proteïna, l'estructura de l'ADN, etc. que conté el fitxer PDB. A més del fitxer PDB, també us permet obrir i veure fitxers MOL i MMCIF.

Quan obriu un fitxer PDB, es mostra una vista 3D a la interfície juntament amb una finestra del tauler de control. El tauler de control conté informació general, una llista i un títol del fitxer. Podeu moure fàcilment l'estructura, girar-la, ampliar/reduir, etc.

També us permet mostrar o amagar la superfície del punt, la base, els enllaços d'hidrogen, els vectors de força i més segons les vostres preferències. També podeu destacar diferents parts amb diferents esquemes de colors per analitzar millor l'estructura. A més, podeu utilitzar funcions de visualització com ara renderització en 3D sòlid, renderitzar POV, mostrar etiquetes i molt més.

A més de les eines de visualització, també obteniu moltes funcions de modelatge molecular. A més, també inclou càlcul d'energia, càlcul d'enllaços H, anàlisi de dominis, detecció de dominis, creació de motius 3D, construcció de simetria cristal·logràfica i altres eines.

Podeu descarregar-lo des de Lloc oficial .

Llegeix: El millor programari d'anàlisi de potència gratuït per a Windows 11/10.

C] QMol

Cumol és un altre visualitzador PDB gratuït per a Windows 11/10. És una eina de visualització d'estructura macromolecular amb la qual podeu visualitzar fitxers PDB. Altres fitxers que podeu obrir i veure-hi són DX, MAP, MTZ, CNS, etc.

Us permet canviar entre les vistes en perspectiva i les ortogràfiques, girar el model, ampliar/reduir, etc. Podeu renderitzar el model mitjançant POV-Ray i els seus mètodes de representació d'animació. L'estructura renderitzada es pot desar en format PNG. També hi ha disponible una eina de mesura que us permet mesurar la distància, l'angle i el gir del model.

També podeu trobar algunes eines addicionals per analitzar més l'estructura de proteïnes. Aquestes eines inclouen Superposició molecular, tallador de superfície Mol, generació de superfície Mol, editor d'enllaços Mol, anàlisi d'interacció, animació de morfologia Mol, etcètera.

És un bon programari per visualitzar i analitzar l'estructura de proteïnes presents als fitxers PDB.

Veure: Opció .LIT # Com convertir LIT a EPUB o MOBI a Windows?

programari de còpia de seguretat de correu electrònic

D] Molècules

El següent programari de visualització de PDB d'aquesta llista és Molekel. Aquest és un programari de visualització molecular força antic però potent que us permet obrir i veure fitxers PDB. Podeu trobar moltes eines de visualització i anàlisi molecular que us permeten analitzar les estructures de proteïnes.

Permet personalitzar la visualització de molècules, àtoms, enllaços, residus, etc. Podeu triar diferents tipus de visualització per a cadascun d'ells, com ara Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder, Wire, Stick, Linear Tape, etc. A més, podeu ajustar les propietats de la vista 3D, mostrar/amagar quadres delimitadors, utilitzar ombrejats, etc. Permet veure el fitxer PDB canviant la densitat d'electrons de la superfície de l'estructura i afegint una superfície disponible per al dissolvent, a l'estructura.

pots trobar Animació una funció en ella per reproduir l'animació de l'estructura de la molècula. També té un menú especial 'Anàlisi' amb les eines adequades. Amb eines d'anàlisi, podeu determinar les dades de la quadrícula, la densitat de rotació, el potencial electrostàtic molecular, l'espectre d'emissió, la distància, l'angle i molt més per a una estructura.

També us permet convertir fitxers PDB a diversos formats de fitxer. Aquests formats inclouen PDF, PS, EPS i Imatge. Si t'agrada el pots aconseguir Aquí .

Llegeix: Complete Anatomy App és una descàrrega digna per a Windows. .

E] Rasmol

També podeu utilitzar RasMol per veure fitxers PDB a Windows 11/10. És un programari lliure i de codi obert que permet visualitzar i analitzar estructures moleculars. També admet l'obertura i la visualització d'altres fitxers com MOL, XYZ, CIF, MOPAC, etc.

Permet veure l'estructura com a marc, ordit, varetes, cintes, fils, etc. També podeu ressaltar diferents parts de l'estructura amb diferents colors. També us permet mostrar o amagar àtoms d'hidrogen, heteroàtoms, ombres, etiquetes, etc. segons les vostres preferències. També podeu mesurar la distància, la torsió, l'angle i altres valors en una estructura.

Aquest programari està disponible Aquí .

Veure: El millor programari gratuït d'anatomia humana 3D per a Windows.

2] Proveu una eina en línia gratuïta per llegir fitxers PDB.

També podeu utilitzar una eina en línia gratuïta per obrir i veure fitxers PDB. Tot el que heu de fer és obrir el lloc web en un navegador web i descarregar el fitxer PDB per visualitzar-lo. Aquí teniu alguns bons visualitzadors PDB en línia gratuïts que podeu provar:

• RCSB PDB
• Molsoft

A] RCSB PDB

Windows no ha pogut iniciar el servei de polítiques de diagnòstic

Podeu utilitzar aquesta eina en línia gratuïta anomenada RCSB PDB per visualitzar fitxers del Banc de dades de proteïnes. Permet importar un fitxer PDB i després visualitzar i analitzar la seva estructura molecular.

Podeu trobar algunes funcions de visualització bàsiques com ara zoom, rotació, commutació avançada de visualització de ports, restabliment de la càmera, canvi de mode de selecció, etc. També us permet ajustar alguns paràmetres o opcions de control com el mode de càmera (perspectiva o ortogràfic), el color de fons, etc. / apagat. desactivar l'oclusió, activar/desactivar la boira, el retall, la ubicació, etc.

Ve amb Animar funció. Amb això, podeu girar automàticament l'estructura de la proteïna. Amb això, podeu ajustar la velocitat i l'angle de rotació. També rebeu un dedicat Mesurament eina en ell. Amb aquesta eina, podeu trobar diversos valors com ara distància, orientació, angle i molt més.

A més d'aquestes característiques, hi ha diverses altres eines útils disponibles: cerca de motius d'estructura, afegir components, exportació d'animacions, exportació de geometria (STL, OBJ, etc.) i exportació de models.

Amb tot, aquest és un visualitzador PDB en línia gratuït molt bo amb un gran conjunt d'eines de visualització. Vostè pot intentar Aquí .

B] Molsoft

Molsoft és una altra eina en línia que es pot utilitzar per visualitzar estructures PDB. Aquest és un visualitzador de fitxers PDB senzill amb funcions bàsiques. Primer, obriu-lo Lloc web i feu clic a l'opció del menú de tres carrils. Després d'això, seleccioneu l'opció 'Obrir' per importar un fitxer PDB desat localment o penjar un fitxer des del vostre Google Drive. Quan seleccioneu un fitxer, us mostrarà l'estructura molecular al visor.

Podeu utilitzar diferents modes de visualització per visualitzar l'estructura. Aquestes vistes inclouen estructura de filferro, creatina fosfoquinasa (CPK), bola i vareta, cinta i molt més. Podeu canviar fàcilment entre aquests modes de visualització segons les vostres necessitats. A més, us permet activar o desactivar les etiquetes d'àtoms, les etiquetes de residus, els enllaços d'hidrogen i els llocs per a una millor comprensió de l'estructura.

També ofereix eines de mesura. Podeu mesurar la distància, l'angle pla i l'angle de gir al model. A més, hi ha disponible un pràctic Color per funció, que us permet pintar l'estructura per tipus d'àtom, cadena, alineació, estructura secundària, etc.

Aquest és un altre bon visualitzador de fitxers PDB en línia que podeu provar gratuïtament.

Com descarregar un fitxer PDB del Banc de dades de proteïnes?

Per descarregar un fitxer PDB del Banc de dades de proteïnes, podeu visitar el lloc web del Banc de dades de proteïnes, introduir i cercar el nom de la proteïna o macromolècula, com ara hemoglobina humana, quitinasa, etc. A continuació, seleccioneu el fitxer dels resultats de la cerca i utilitzeu l'opció de descàrrega per descarregar el fitxer PDB. Tan simple com això.

Com veure les estructures PDB?

Les estructures moleculars del PDB es poden veure mitjançant una eina en línia o una aplicació de programari dedicada. Podeu provar programari gratuït com IQmol, Swiss-PdbViewer i CueMol per visualitzar i analitzar les estructures PDB al vostre ordinador. Si preferiu utilitzar una eina en línia, hi ha moltes opcions. Per exemple, proveu serveis web com RCSB PDB i Molsoft. Es tracta de visualitzadors de fitxers PDB en línia gratuïts que proporcionen eines avançades de visualització i anàlisi molecular.

Com convertir un fitxer PDB a PDF?

Per convertir un fitxer PDB a PDF, podeu utilitzar aquesta aplicació d'escriptori gratuïta anomenada Molekel. Proporciona una opció especial 'Desa a PDF' que us permet convertir el fitxer PDB a format PDF. Podeu obrir el fitxer PDB i després fer clic a 'Fitxer' > 'Desa a PDF' per convertir PDB a PDF. Hem parlat detalladament d'aquest programari en aquesta publicació, comproveu-lo més amunt.

Això és tot.

Ara llegiu: El millor programari gratuït de modelatge molecular per a Windows.